Após o Dr. Nitrus Brio e o Crash Bandicoot ter destruído a estação de Cortex, um dos pedaços foi parar na Terra. Ele cai em um monumento antigo, libertando uma entidade do mal, uma máscara com nome Uka-Uka (irmão de Aku-Aku) que possui poderes sobrenaturais. Na Ilha da Sanidade, os Bandicoots estão cuidando de seus afazeres, mas escutam uma risada maligna.

A máscara Aku-Aku se surpreende e chama os Bandicoots para dentro da toca. Em uma superfície futurística, Uka-Uka, que é a tal máscara maligna, briga com Cortex, que pela causa de sua incompetência, todos os cristais e diamantes se perderam no contínuo espaço-tempo. Mas, há um novo aliado que ajudará Cortex a dominar o mundo, o Dr. Nefasto Tropy. Ele é o criador da superfície cujo o nome é Tornado Temporal e mestre do tempo. Na Ilha da Sanidade, Aku-Aku diz para nossos heróis que a tal risada era de seu irmão do mal, Uka-Uka. Ele e Cortex querem dominar o mundo usando sua genialidade e maldade juntos. Crash deverá achar os 25 cristais no Tornado Temporal para deter Cortex e Uka-Uka, antes que seja tarde!

Crash Derrota Tiny Tiger pela segunda vez. Cortex na tentativa de derrotar Crash envia a ele uma de suas criações: Dingodile, porém o mesmo fracassa.Dr. Nefasto Tropy encontra Crash, os dois lutam mas N.Tropy perde e acaba explodindo. Coco derrota N.Gin fazendo com que Neo Cortex e Uka-Uka se obrigem a enfrentar Crash e Aku-Aku porém Cortex e Uka-Uka são derrotados e fogem em um portal tendo seu plano fracassado.